Первым ширээте-ламой (настоятелем) монастыря был Пагбаев Ригдел. В середине прошлого века, около 1850-1860 гг., ширетуй Галсан Жимба Тугулдуров основал философскую школу (chos га, или mtshan nyid), для которой был воздвигнут особый храм, называемый цанидин сумэ, или шойрин дуган. В 1880 г. был основан тантрийский факультет (rgyud pa) и в 1984 г.—медицинская школа (sman grva). В начале XX в. был учрежден факультет Калачакры.

В начале этого века Агинский дацан включал основное здание храма (tshog chen) и шесть дополнительных храмов ('du khang). Четыре из них были построены специально для философских, тантрийских, медицинских и калачакринских штудий. Два других—как укрытие гигантской бронзовой скульптуры Майтрейи (высотой в 80 локтей) и как храм будды Амитабхи, где располагались макеты рая Сукхавати и рая Тушиты.

Около 1860 г. в монастыре была учреждена типография, где ксилографически печатались буддийские тексты на тибетском и монгольском языках. Таким образом, монастырь стал центром издательской деятельности Бурятии. Здесь печатались тибетские текты по философии, тантрийским системам, астрологии и медицине. Были изданы тибетско-монгольские словари и ряд текстов широкого пользования на монгольском языке. Каталог издательства Агинского дацана перечисляет среди прочих следующие тексты: трактаты по логике Дигнаги; работы по философии мадхьямики Чандракирти; "Абхидхармакоша" Васубандху; работы Асанги по системе виджнянавады; "Legs bshad gser 'phreng" и "Lam rim chen то" Цзонха-вы; "Сиддханта" Чжамьяна Шадпы и его же философские сочинения; собрание сочинений Атвана Даши (Ngag dbang bgra shis); собрание 39-ти работ по философии, астрологии и ритуалистике автора Гончога Дэнби Донмэ (dKon mchod bstan pa'i sgron me, он же—Туван-гэгэн); собрание сочинений Пятого Далай-ламы; собрание работ Доньода Хайдуба (Don yod mkhas grub); ритуал Шри Чакрасамвары согласно методу махасиддха Луивы.

Монастырская типография издала также некоторое число буддийских текстов на монгольском языке: ответы Будды на вопросы Субхути "Йехэ Онол" ("Великое Понимание"); "Сутра о Мудром и глупом" ("Mzangs blung"); биография Цзонхавы; "Капли Амриты"; "Субхашита". Здесь же публиковались оригинальные работы бурятских ученых-монахов. В типографии монастыря были опубликованы также следующие словари: "Монгольско-тибетский словарь" Ринчена Номтоева и "Тибетско-монгольский словарь" Галсана Жимба Тугулдурова.

Известно, что некоторые ламы этого монастыря написали оригинальные работы на тибетском языке: работу по системе Калачакры (автор Данзан Жарбаев); учебник для монастырского философского факультета Соднома Чжамцо (который сам учился на философском отделении Агинского дацана и получил степень рабжампы в монгольском монастыре Бадгар) под названием "mTshod bya don gyi dge 'dun nyi shil'i rnam bshad" ("Повествование о двадцати ламах, следовавших путем Мудрости"), использовавшийся как пособие по Праджняпарамите; учебник по философии мадхь-ямиков: работа о представлении шуньяты в философских системах мадхьямиков и йогачаров,

В 1867 г. ширетуй Тугулдуров написал на тибетском языке трактат по астрономии и основал астрономический факультет.

Среди авторов и переводчиков, которые писали на монгольском языке, первое место принадлежит ширетую Лубсану Дорже Данжинову. Он был известен как переводчик и издатель книг на бурятском языке, рассчитанных на самый широкий круг читателей. Он опубликовал биографии повсеместно чтимых в Монголии буддийских лам, популярные книги этических наставланий, монгольскую азбуку, грамматику, собрания историй-джатак, песни Миларэпы; он же был одним из авторов книг по этике, изданных в 1892 г.

Как переводчик и издатель широкой известностью пользовался лама Дилгиров; особенно известны его переводы учебников по философии: такие как "Chu'i bstan bcos", "Shing gi bstan bcos" и комментарий на "Ламрим Ченмо".

Литературу, изданную в Агинском дацане, можно найти в библиотеке ЛО ИВ АН СССР, в БИОНе СО АН СССР и в краеведческом музее г. Улан-Удэ, столице Бурятской автономной республики. Улан-Удэ,

С 1995 г. в дацане работает Агинский бурятский Буддийский институт, в котором производиться обучение сдудентов-хувараков по традиционной программе.

В настоящее время ширээте-ламой монастыря является Дондукбаев Цырен Лупсандашиевич.

статья подготовлена на основании статьи Б.Д.Дандарона, опубликованной в журнале "Гаруда" № 2 1994 г. и информации Сангхи России